U razdoblju od 1997. do 1999. Alkaloid je, kao predvodnik u regiji i šire, bio među prvim kompanijama u regiji koje su certificirale Sisteme upravljanja kvalitetom svojih profitnih centara (Farmacija i Hemija, kozmetika i biljni proizvodi), u skladu sa međunarodnim standardom ISO 9001. U razdoblju 2000.-2001. Alkaloid AD Skopje bio je prva kompanija u Makedoniji (od 2019. Republika Sjeverna Makedonija) koja je dobila certifikate Sistema upravljanja životne sredine u skladu s međunarodnim certifikatima ISO 14001 za profitne centre Biljni proizvodi i Farmacija. Sve ISO certifikate izdalo je certifikacijsko tijelo Quality-Austria (bivši ÖQS) i akreditirala međunarodna certifikacijska mreža IQNet.

U 2002. Alkaloid je pokrenuo novu fabriku za proizvodnju čvrstih oblika lijekova za oralnu primjenu, izgrađenu u skladu s evropskim i međunarodnim zahtjevima dobre 9 proizvođačke prakse (GMP). Potvrda usklađenosti s ovim zahtjevima bila je osnova za prvi GMP certifikat o usklađenosti koji je izdalo makedonsko Ministarstvo zdravstva. Istovremeno je Alkaloid dobio i GMP certifikat za novu fabriku za proizvodnju cefalosporina u skladu s domaćim propisima, EU Direktivama 2001/83/ЕZ i 2003/94/ЕZ i smjernicama WHO-a.

Počevši od 1998. Program Biljni proizvodi potvrđen je prvim certifikatom metoda organske proizvodnje u skladu sa Direktivom EU 2092/91, koji je izdala kompanija Control Union Certifications (bivši SKAL) Nizozemska, što je prvi certifikat te vrste na Balkanu. Međunarodni značaj certifikata za metode organske proizvodnje potvrđen je na tri kontinenta provjerom u skladu sa Nacionalnim organskim programom (The National Organic Programme) Ministarstva poljoprivrede SAD-a i japanskim poljoprivrednim standardima Organic JAS od strane kompanije Control Union Certifications iz Nizozemske.

Proizvodnja medicinskih proizvoda - koncentriranih otopina za hemodijalizu i rendgenskih folija iz programa Hemijski proizvodi dobio je CE certifikate u razdoblju 2007.-2010. koje im je dodijelilo renomirano certifikacijsko tijelo DEKRA Certification B.V. (bivši KEMA Quality B.V) iz Nizozemske. U 2011. Program Hemijski proizvodi - Medicinski proizvodi dobio je certifikat Sistema upravljanja kvalitetom za uvođenje i ispunjenje zahtjeva standarde ISO 13485.

Potvrda predanosti kompanije Alkaloid AD sloganu „Zdravlje prije svega“ je HACCP certifikat za proizvodnju sigurne hrane, izdat 17. aprila 2007. postrojenju za proizvodnju Biljnih proizvoda za cjelokupni proizvodni program: čajevi, dodaci prehrani, začini, sušeno povrće, so i „Zachinal“, koji je izdala kompanija Quality Austria.

Prvi matrični audit Integriranog sistema upravljanja (IMS) Alkaloida provela je kompanija je Quality Austria 2012. godine, čime je potvrđena njegova usklađenost sa međunarodnim standardima ISO 9001 i ISO 14001 (100% proizvodnih objekata i procesa) za ALKALOID AD, usklađenost sa standardom ISO 13485 za profitni centar Farmacija i program Hemijski proizvodi, kao i potpuna usklađenost sa HACCP načelima i zahtjevima za Program Biljni proizvodi i PC Farmacija.

Briga za životnu sredinu jedno je od dugoročnih načela poslovanja društva Alkaloid AD – Skopje, pa je stoga sistem upravljanja životnom sredinom dio njenog integriranog sistema upravljanja. U 2012. Ministarstvo zaštite životne sredine i prostornog planiranja dodijelilo je A dozvolu za PC Farmacija na lokaciji Avtokomanda za usklađenost s operativnim planom integriranog sprečavanja i kontrole onečišćenja, uključivši Alkaloid u društveno odgovorne kompanije koje u proizvodnji vode računa o integriranom sprečavanju i kontroli onečišćenja životne sredine.

U 2020. godini Alkaloid AD Skopje je učvrstio svoju lidersku poziciju dobijanjem certifikata za usklađenost sa zahtjevima međunarodnog standarda ISO 45001.