Središnji informacijski sistem za ERP (planiranje resursa kompanije) pod nazivom SAP S/4 HANA, brendiran pod nazivom AlkaSAP, je integrirani sistem za obradu i praćenje podataka te upravljanje podacima u Alkaloidu, radi podrške i efikasnog funkcioniranja poslovnih procesa. Od svoje implementacije AlkaSAP uspješno i kontinuirano radi i nadograđuje se. Sistem sadrži više modula i podmodula, kao što su:

1. FI ((Finansije))
2. CO ((Kontroling))
3. MM/WM (Upravljanje materijalima / Upravljanje skladištem)
4. SD (Prodaja i distribucija)
5. PP (Planiranje proizvodnje)
6. QM (Upravljanje kvalitetom)
7. HR (Ljudski resursi)

Pored društva Alkaloid AD Skopje (kao centrale), kroz posebne projekte (tzv. rollout) i posebno formirane projektne timove, AlkaSAP je implementiran i primjenjuje se u još pet podružnica u okviru grupe, koje se nalaze u četiri države. Sistemi za svako društvo (baza podataka, poslovni procesi i funkcionalnosti) potpuno su nezavisni, prilagođeni kako bi bili u skladu s lokalnim propisima i potrebnim usklađenjima. Svakodnevno više od 400 korisnika iz različitih organizacijskih jedinica kontinuirano upotrebljava AlkaSAP za različite svrhe i s odgovarajućim, tačnim ovlaštenjima u skladu s poslovnim procesima, transakcijama i izvještajima. Posebno je složen bio projekat tokom 2020. godine za zamjenu programa AlkaSAP novom platformom (S / 4 HANA). Proveden je tzv. big-bang pristupom za migraciju svih modula i kompanija odjednom, u vrlo kratkom roku - kraćem od pet mjeseci, s prethodnom zamjenom središnje infrastrukture (hardver, operativni sistem i baza podataka), zajedno sa dva partnera (za zamjenu i za pouzdanost), s podrškom proizvođača, uz potpuno daljinsku (virtualnu) provedbu. Naravno, uslijediće i novi planirani projekti za nadogradnju i poboljšanje više modula.

Centralna podrška za AlkaSAP obuhvata sistemni segment (za središnju administraciju opreme) i aplikacijski segment (posebno po modulima i poslovnim procesima). Podrška krajnjem korisniku podijeljena je tako da su prvi nivo podrške interni ključni korisnici (Keyusers), drugi nivo je interni središnji tim (Superusers i BCusers), dok je treći nivo spoljni partner.

Od pokretanja (tokom uvođenja i implementacije), cijeli AlkaSAP je validiran u skladu sa farmaceutskim propisima (Evropska dobra proizvođačka praksa i Uprava za hranu i lijekove SAD-a) i kontinuirano se održava (planira, testira, dokumentira i validira) sa svakom nadogradnjom i promjenom. Podršku daje posebni interni validacijski tim za AlkaSAP.

Radi osiguranja poslovnog kontinuiteta u slučaju incidenata/katastrofa, „brigu vodi“ posebno rješenje (tzv. BC/DR - Business Continuity/Disaster Recovery). Ovo rješenje posebnom komunikacijskom vezom kontinuirano replicira/sinhronizira AlkaSAP (zajedno s drugim ključnim poslovnim sistemima) na posebnoj opremi, koja je izolovana i nalazi se na sekundarnoj lokaciji (za oporavak u slučaju kvara). Ovo su neki ključni sistemi koji komuniciraju sa sistemom AlkaSAP, upotrebljavaju ga ili s njim razmjenjuju podatke:

1. DMS (Sistem upravljanja dokumentima)
2. CRM (Sistem odnosa s kupcima)
3. AlkaCDS (Sistem hromatografskih podataka)
4. AlkaT&T (Serijalizacija)
5. Pixel Proof
6. BMS (Sistem upravljanja objektima)